Obec Malý Kamenec sa nachádza v okrese Trebišov, v kraji Košice, v južnej časti Východoslovenskej nížiny.
Z geografického hľadiska obec patrí do krajinnej jednotky Medzibodrožie, ktoré sa nachádza medzi riekami Tisa, Latorica a Bodroch.
Chotár obce tvoria prevažne mladoholocénne usadeniny, len v úzkom severnom páse sa vyskytujú treťohorné ryolity a ich pyroklastiká.
Z pôd prevažujú ťažké až extrémne ťažké typy, z pôdnych typov hlavne oglejené nivné pôdy a s výnimkou úbočí, kde dominuje mačinová pôda na viatych pieskoch.
Podnebie obce je mierne teplé so studenými zimami (ročný priemer sa pohybuje okolo 9,4ºC), úhrn zrážok je okolo 550 mm. V obci sa výrazne prejavuje mikroklimatický efekt, ktorý úzko súvisí z chránenou polohou, t.j. je obrátená na juh a od severu je chránená Tarbuckou, s nadmorskou výškou 277 m n.m.